El órgano de control es la Oficina de Control Institucional y cumple las siguientes funciones:
- Formular, ejecutar y evaluar el Plan Anual de Auditoria Gubernamental, de conformidad con la política y planes de control del Organismo Central del Ministerio de Educación y de la Contraloría General de la República.
- Realizar las acciones de seguimiento que correspondan, cautelando la ejecución de medidas correctivas y/o sanciones dispuestas por el titular de la entidad.
- Organizar y ejecutar las acciones de control posterior que específicamente le encargue el titular de la Dirección Regional de Educación Pasco y los organismos superiores de control.
- Elaborar los informes de control interno y elevarlos a la Dirección Regional de Educación Pasco, Contraloría General de la República y otras instancias según corresponda.
- Investigar las denuncias administrativas presentados al órgano de Control Institucional por terceras personal, informando sobre los resultados al titular de la Dirección Regional para que se tomen las medidas correctivas pertinentes.
- Proponer e implementar mecanismos de prevención y sanción para los actos de corrupción en la gestión administrativa.
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